Joseph Hubertus Pilates is geboren op 9 december 1880 in Mönchengladbach, Duitsland aan de Waldhausener Strabe 20. Daar heeft hij 1 jaar gewoond.
Hij kwam uit een gezin met 8 zusjes en broertjes. Al op vroege leeftijd zijn er 3 kinderen uit het gezin overleden, wat voor die tijd ook het gemiddelde sterfte-aantal was in Duitsland. 
Joseph heeft veel geleerd over sport van zijn vader, die deed aan gewichtheffen. Joseph zijn vader was daarin 1 van de pioniers in die tijd.
Uit de archieven kunnen we halen dat Joseph bierbrouwer is geweest rond 1900 in Duitsland. In 1905 is Joseph getrouwd met Maria. Zij kregen 2 kinderen, dochter Leny en zoontje Hansheinrich. Hansheinrich overleed al op vroege leeftijd toen hij 10 maanden oud was. In 1912 overleed Maria op 31 jarige leeftijd. Leny is daarna opgegroeid bij de vader en broer van Joseph.
In 1914 woonde Pilates in Engeland. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd hij in gevangenschap gezet met andere Duitse burgers, eerst in Lancaster en daarna op de Isle of Men. 
Op de Isle of Men was een grote boksers-groep actief, waar Joseph onderdeel van was. In deze periode ontwikkelde hij zich als sportinstructeur en legde hij de grondslag aan wat hij later de methode ‘Contrology’ ging noemen. Met medegevangen organiseerde hij tevens een circusact op het kamp, waarbij zij verschillende houdingen showde (‘Body Culture’) en balanceerden op ladders en barrels. Zij noemden zichzelf ‘Die vier Pylatos’ van de ‘Pylatos Company’. Na de oorlog keerde hij terug naar Duitsland. In 1919 ging hij terug naar Duitsland en opende een eigen boksschool in Gelsenkirchen.
In de jaren ’20 heeft hij zelf ook deelgenomen aan bokswedstrijden op bijna 40 jarige leeftijd. In 1922 heeft hij de Foot Corrector gepatenteerd en in 1924 de ‘Korperubungsgerat’ (Body Training Device), wat de grondslag was van de Universal Reformer.
Pilates emigreerde in 1926 naar Amerika, ontmoette op de boot Clara en opende daarna met haar een studio in New York. Al snel won de methode populariteit binnen de danswereld, gezien het de dansers de mogelijkheid bood om te herstellen van blessures en hun techniek te verbeteren. De studio werd het best bewaarde geheim van New York. Mond-op-mond reclame verspreidde zijn vakmanschap.
In 1932 publiceerde Pilates een pamflet genaamd “Your Health” en in 1945 nog een genaamd “Return to Life through Contrology”.
In 1967 overleed hij op 87-jarige leeftijd. Dankzij zijn geschreven stukken en zijn studenten, word zijn methode ook nu nog verder gedoceerd.